Mary Lennox, filha de ricos pais ingleses, nasceu na Índia. No entanto, um surto de cólera a deixa órfã e ela vai morar com seu tio na Inglaterra. Mimada e bastante mal-humorada, Mary precisa se adaptar à vida nova na Mansão Misselthwaite com as regras impostas pela governanta, Sra. Medlock. A mansão fica à beira das charnecas e Mary odeia o lugar a princípio. No entanto, logo descobre centenas de quartos na imensa mansão e conta com o auxílio da empregada Marta para descobrir sobre o passado triste de seu tio. Mary decide explorar o local e a vida ao ar livre e logo descobre um jardim secreto esquecido havia muito tempo. Certa noite, Mary também ouve um choro de criança e sua aguçada curiosidade a faz xeretar e conhecer seu primo Colin, acamado num dos quartos da mansão. Os dois ficam amigos e Mary lhe fala sobre o jardim secreto que descobriu e a amizade com Dickon, um menino do campo, que ajuda a revigorar o jardim. Os laços de amizade entre as três crianças se fortificam com o desabrochar da primavera. Logo o estímulo dos amigos e a magia do jardim fazem Colin voltar a andar. Por fim, o Sr. Craven retorna de suas viagens e se surpreende ao ver seu filho andando, num reencontro emocionante.